伊苏：起源

在亞特魯活跃時代的700多年前，由雙子女神與六神官治理，藉由黑真珠與庫雷利亞金屬之力而繁榮的王國伊蘇，突然遭受魔物軍團侵襲。雙子女神與六神官決定藉由黑真珠之力，將伊蘇王國的中心地帶薩爾門神殿漂浮到空中。但魔物們卻建立了聳入雲端的高塔追擊。

在這關鍵時刻，象徵伊蘇的雙子女神卻連同黑真珠失去了蹤影，六神官們集結了騎士與魔道師的精銳力量組成女神搜索隊，前往地面艾斯塔利亞探尋女神的蹤影，故事就此展開。

此代故事依優妮卡、雨果、托爾三位主角分為三段不同劇情，其中托爾的劇情為伊蘇系列正史。